Η ενάλια αρχαιολογική έρευνα των Φούρνων αποτελεί ένα κοινό ερευνητικό πρόγραμμα της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων του ΥΠ.ΠΟ.Α και του Τμήματος Ιστορίας, Αρχαιολογίας και Κοινωνικής Ανθρωπολογίας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Σκοπός της έρευνας κατά τα πρώτα έτη (2015-2020) ήταν η καταγραφή, τεκμηρίωση και μελέτη των αρχαίων, μεσαιωνικών και νεότερων ναυαγίων που βρίσκονται στα 20 περίπου νησιά, νησίδες και βραχονησίδες που απαρτίζουν το αρχιπέλαγος των Φούρνων.

Η επιφανειακή έρευνα διασκόπησης του υποθαλάσσιου πυθμένα ολοκληρώθηκε το 2020 με την ανακάλυψη και καταγραφή 58 ναυαγίων που χρονολογούνται από τα τέλη της αρχαϊκής περιόδου (6^ος αι. π.Χ.) έως και το α΄μισό του 20^ου αιώνα.

Η πλειονότητα των ναυαγίων μετέφερε αμφορείς, το κύριο μέσο συσκευασίας και διακίνησης υγρών προϊόντων από την αρχαιότητα έως και το τέλος της βυζαντινής περιόδου.

Τα φορτία αυτά έχουν πολλές διαφορετικές προελεύσεις, κάποιες φορές από απόμακρα σημεία της Μεσογείου (Ισπανία, Τυνησία, Κύπρο, Παλαιστίνη, Μαύρη Θάλασσας) καταδεικνύοντας την σημασία του νησιωτικού συμπλέγματος των Φούρνων ως ενός ενδιάμεσου σταθμού στην θαλάσσια εμπορευματική διακίνηση υπερτοπικής εμβέλειας.

Από το 2021 η έρευνα έχει επικεντρωθεί στην ανασκαφή ενός ναυαγίου των ύστερων ρωμαϊκών χρόνων που βρίσκεται στον Άσπρο Κάβο, στις ανατολικές ακτές των Φούρνων, βόρεια του οικισμού Καμάρι.

Το ναυάγιο βρίσκεται σε βάθος 42-50 μέτρων, έχει διατηρήσει την συνοχή του και φέρει φορτίο από αμφορείς που προέρχονται από την Κριμαία, την Σινώπη και την Ηράκλεια του Πόντου.

Αποτελεί μία μοναδική μαρτυρία για το θαλάσσιο εμπόριο μεταξύ Αιγαίου και Μαύρης Θάλασσας κατά τον 5^ο και 6^ο αιώνα μ.Χ.